1、承办颁发部门不同 计算机等级证是经原国家教育委员会（现教育部）批准，由教育部考试中心主办发的。 计算机操作员证是劳动和社会保障部发的。
2、面对对象不同 计算机等级证是服务于劳动力市场，为人员择业、人才流动提供其计算机应用知识与能力的证明，以便用人部门录用和考核工作人员时有一个统一、客观、公正的标准。 计算机操作员是证书作为反映计算机操作技能水平的基础性职业资格证书，在要求计算机操作能力并实行岗位准入控制的相应职业作为上岗证；在其它就业和职位评聘领域作为计算机相应操作能力的证明。
3、考试方式不同 操作员和高级操作员级的考试全部采取上机实际测试操作技能的方式进行，考试时间为120分钟；操作师的考试采取上机实际测试技能和理论考试相结合的方式进行，上机考试时间为120分钟，理论考试时间为60分钟。 高级操作师的考试采取上机实际测试操作技能和论文答辩相结合的方式进行，上机考试时间为120分钟，论文答辩时间为60分钟。
