一、高考两者是分开招生的，福建师范大学本部是一本、二本批次招生，而福建师范大学福清校区只有二本批次，你在高考报考时能分别看到两个大学：福建师范大学、福建师范大学福清分校。
二、院系专业设置有区别，福清分校只有设有经济与管理学院、文化传媒与法律学院、教育学院、外国语学院、体育学院、电子与信息工程学院、海洋与生化工程学院，而本部除了前面的学院，还有很多其他学院如文学院、数学与计算机科学学院、软件学院等。本部的专业比福清校区多很多。
福建师范大学福清分校创办于1977年，先后为福建省莆田地区师范学校大专班、莆田师范专科学校、福清师范专科学校等。1983年，福清师专改为福建师范大学二部，归师大统一领导和规划。
福建师范大学两个校区区别 扩展
旗山在闽侯上街远郊，校园很新，生活条件会好些，本科生基本上在新校区上课；仓山校区基本上是研究生部和函授部，是老校区，交通方便，设备也很成熟，配套也很好，经过岁月的积淀和文化的洗礼，很有韵味，但房子较老，生活条件不如新校区方便。
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福建师范大学有仓山校区主要是研究生，而闽侯上街师大，主要是新生和本科生就读。
